gmxtools

scripts/programs/utilities/tools for GROMACS
Introduction
Tools

Introduction

This is a collection of the tools I used for GROMACS. Hope it helps for you as well.
If you use one/some of the tools for your publication(s), I will appreciate if you cite the Zenodo DOI 10.5281/zenodo.6408973

Tools

名称NAME
说明INSTRUCTION 代码CODE 示例EXAMPLE

calc
在线计算兼单位换算器

calc
gnuECharts

N/A

wvmd
自动调整VMD窗口的位置和大小
wvmd.zip
N/A

graphene

石墨烯：建模, 几何性质及力场模拟
石墨烯在线创建工具
创建周期性体系的拓扑文件：以石墨烯为例
氧化石墨烯的结构与建模
石墨烯平面的卷曲与扭曲

graphene
N/A

pipistack
Pi-Pi堆积距离和堆积角度的计算

pipistack.tcl
pipistack_linalg.tcl

ph2.zip

fitmol
README
FitMol.f90

ch4.xyz
ch4_ch3oh.xyz

xpm2all

xpm文件处理脚本
xpm2all: xpm文件转换工具
使用xpm2all脚本计算蛋白二级结构演化及含量
xpm2all更新：二级结构绘制, 颜色方案

xpm2all.bsh
xpm2rgb.bat

ss.xpm
gibbs.xpm

gmx_mmpbsa

gmx_mmpbsa使用说明
gmx_mmpbsa脚本更新：屏蔽效应与熵贡献
gmx_mmpbsa脚本更新：清理整理输出
gmx_mmpbsa更新：修正原子半径bug, 改用AMBRR PB4, 丙氨酸扫描CAS

gmx_mmpbsa.bsh
1ebz.zip

gmx_ir
使用GROMACS计算红外光谱
gmx_ir.bsh
N/A

gmx_hbdat

GROMACS氢键分析工具hbond的使用及扩展
使用gnuplot绘制氢键数据的平行轴图

gmx_hbdat.bsh
hbdat_1crn.zip

remd_tgenerator
副本交换动力学T-REMD模拟的温度分布计算器
remd_tgenerator
N/A

xff
力场拟合工具xff开发杂记
xff

c6h6.fchk
sf6.FChk

cagen
水溶液体系成笼分析程序cagen
N/A
cagen.zip

Questions?

If you have any quesiotns about these tools, please let me know.

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